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教师名录

王文琴
职称:副教授

所属学科:植物基因组学

研究方向:

浮萍和玉米基因组学

电话/传真:021-34206942     

电子信箱:wang2015@sjtu.edu.cn

联系地址:上海市东川路800号上海交通大学

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个人简历:
      王文琴,女,博士,十大正规网赌网址副教授。1996-2000年兰州大学生物学本科;2000-2003年中国疾病预防控制中心免疫学研究生;2003-2007年浙江湖州师范学院讲师;2008-2013年美国新泽西州立大学生物信息学博士,师从发明鸟枪基因组测序法和获得沃尔夫奖(Wolf Prize)的植物生物技术学家Joachim Messing院士;2013-2015年美国新泽西州立大学植物学博士后;2015年起在上海交通大学任教。近五年以第一作者或通讯在本领域一流国际学术期刊发表论文18篇,包括PNAS, Nature Communications and Plant Biotechnology Journal等;近五年获得过 3项国家级项目(面上项目,科技部国家重点研发计划,转基因重大专项课题)。担任SCI学术期刊Scientific Data, Frontier in Genetics, Genes编委。主要从事浮萍和玉米的组学研究。浮萍为世界上最小的单子叶开花植物,它生活于水体中,具有适应性强,分布广,淀粉含量丰富等特点,同时可以高效吸收富营养和重金属污染水体中的氮、磷及铜、砷等元素,是一种有应用前景的生物清洁能源植物。我们主要是通过生物信息学与分子生物学相结合的手段研究浮萍在进化及发育过程中的复杂关键事件(比如污染水源中富营养的吸收,生物质能的快速积累),解析有重大生物能源利用价值的高淀粉储存器官和糖份累积的形成机制。玉米是世界上最重要的粮食作物之一,我们利用结构基因组学,功能基因组学以及转录组学等多组学工具解析农作物玉米胚乳发育过程中淀粉和蛋白质表达调控网络,为改善玉米种子的淀粉与蛋白的分配平衡和优良品质提供理论基础。

 

主要成果:   

1. 浮萍休眠期储存物质淀粉合成的转录调控,2017.01-2020.12,国家自然科学基金面上项目,80万元,主持。

2. 主要农作物品质性状形成的分子基础,2016.07.01-2020.12.31,国家重点研发计划,90.85万元,子课题负责人。

3. 优质蛋白玉米胚乳修饰因子全基因组关联分析,2018.01-2019.12, 植物分子遗传国家重点实验室,5万元,主持。

4. 玉米籽粒高甲硫氨酸相关基因AtSAT1的克隆及分子育种,2019-2020,转基因重大专项课题,50万,子课题负责人。  

 

近期代表性论文:

  1. An D, Zhou Y, Li C, Xiao Q, Wang T, Zhang Y, Wu Y, Li Y, Chao DY, Messing J, Wang W: Plant evolution and environmental adaptation unveiled by long-read whole-genome sequencing of Spirodela. Proc Natl Acad Sci USA 2019.

该研究利用三代PacBio单分子测序技术获得高质量的浮萍基因组,并揭示了浮萍根系功能进化和水生植物适应环境的新机制。

  1. Zhou Y, Zhao Z, Zhang Z, Fu M, Wu Y, Wang W: Isoform sequencing provides insight into natural genetic diversity in maize. Plant Biotechnology Journal 2019.

该研究通过对玉米硬质胚乳自交系W64A进行三代全长转录组测序,获得了大量全长转录本序列,并系统分析了不同玉米自交系间的转录本差异,为玉米转录组研究提供了宝贵的参考数据。同时该研究验证了不同自交系间的插入缺失(InDel)和串联重复序列(SSR)标记,比较了玉米硬质和粉质胚乳相关候选基因编码区多样性,为遗传改良玉米品质提供了重要线索。

  1. Li C, Huang Y, Huang R, Wu Y, Wang W: The genetic architecture of amylose biosynthesis in maize kernel. Plant Biotechnol Journal 2018. 该项目通过全基因组关联分析系统研究了玉米籽粒中表型直链淀粉的含量与单核苷酸多态性的基因型的连锁研究,筛选出了与直链淀粉合成相关的关联SNPs以及有潜力的候选基因,为遗传调控研究玉米淀粉含量和品质改良提供分子标记和理论基础。
  2. Wang, W., Haberer, G., Gundlach, H., Glasser, C., Nussbaumer, T., Luo, M.C., Lomsadze, A., Borodovsky, M., Kerstetter, R.A., Shanklin, J., Byrant, D.W., Mockler, T.C., Appenroth, K.J., Grimwood, J., Jenkins, J., Chow, J., Choi, C., Adam, C., Cao, X.H., Fuchs, J., Schubert, I., Rokhsar, D., Schmutz, J., Michael, T.P., Mayer, K.F., Messing, J: The Spirodela polyrhiza genome reveals insights into its neotenous reduction fast growth and aquatic lifestyle. Nature Communications, 2014. 由美国能源部资助的浮萍项目,组装和注释的第一版浮萍基因组为浮萍功能基因组学和分子生物学研究提供了强有力的参考序列,并且开启了工业化应用的大门。
  3. An D, Li C, Zhou Y, Wu Y, Wang W: Genomes and Transcriptomes of Duckweeds. Frontiers in Chemistry 2018.
  4. An D, Cao HX, Li C, Humbeck K, Wang W: Isoform Sequencing and State-of-Art Applications for Unravelling Complexity of Plant Transcriptomes. Genes, 2018.
  5. Li C, Lin F, An D, Wang W, Huang R: Genome Sequencing and Assembly by Long Reads in Plants. Genes, 2017.

 

代表性授权发明专利:

  1. RNA-Seq Transcriptome Analysis of Spirodela Dormancy without Reproduction and Identification of Molecular Targets Useful for Improving Biomass Production for Industrial Applications. Inventor: Joachim Messing and Wenqin Wang. Filed at 2013, 12 with U.S. Application Number 61912328.
  2. 基于关联分析和KASP开发waxy1基因内分子标记。CN201710769206.4。发明人:王文琴,李长生,巫永睿。

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